«Впервые я пришёл в храм и сразу попал к хорошему священнику — протоиерею Петру Клитовченко. Он был старше средних лет, настоятель храма в моём родном городе Армавире. Увидев случайно оказавшегося в храме и озирающегося юношу, отец Пётр спросил: "Что ты здесь делаешь, хлопец?" Я ответил, что зашёл в храм, поскольку мне это всегда было интересно. Но раньше я не решался войти, хотя и был крещёным. И, наконец, сделал первый шаг», —
рассказывал игумен Пётр.
По рекомендации духовника в 1991 году поступил в Ставропольскую духовную семинарию. На последнем курсе перевёлся в Московскую духовную семинарию, которую окончил в 1995 году, и затем продолжил обучение в Московской духовной академии.
В период обучения в академии был избран однокурсниками главным редактором студенческого православного журнала «Встреча». Журнал возник по инициативе студентов I курса, его редакция стала первым студенческим объединением в МДА, позднее давшим начало студенческому совету.
«Из академической жизни мне особенно дороги моменты работы в редакции журнала „Встреча“. Ну не совсем работы, а творческого досуга, хотя порой запарка со сроками сдачи очередного номера и казалась делом всей жизни. Редакторство свалилось неожиданно, как неизбежное возмездие за инициативу. Уже не помню, кому из товарищей по курсу я обязан этим выдвижением. Эта внеучебная нагрузка помогла мне организовать свободное время и направить свои силы в созидательное русло… Тогда ещё студент-первокурсник, а ныне митрополит Амвросий, предложил название — „Встреча“», —
рассказывал о том времени отец Пётр.
27 марта 1998 года в Троицком соборе Троице-Сергиевой лавры ректором МДА епископом Верейским Евгением пострижен в монашество с наречением именем Пётр в честь новопрославленного священномученика Петра (Полянского), митрополита Крутицкого. 6 декабря 1998 года за Божественной литургией в семинарском храме преподобного Иоанна Лествичника хиротонисан ректором МДА епископом Верейским Евгением во иеромонаха.
В 1999 году окончил Московскую духовную академию, защитив кандидатскую диссертацию.
По направлению Министерства образования РФ и Московской Духовной академии в 2000—2003 годах проходил специализацию в докторантуре богословского факультета Софийского государственного университета (Болгария). В период обучения в докторантуре изучал архивы русского зарубежья в Болгарии и Франции. Одним из итогов исследовательской работы стало
обнаружение и идентификация софийского архива профессора Н. Н. Глубоковского (выдающегося русского учёного, члена-корреспондента Императорской академии наук и Болгарской академии наук), считавшегося утерянным.
«Более полутора лет я спрашивал у всех, кто был причастен к Софийскому богословскому факультету, и в особенности — у софийского духовенства старшего поколения, о судьбе архива Глубоковского. Я не сомневался, что часть его всё-таки сохранилась. Долгое время результатов не было, но один из почтенных софийских священников сказал мне как бы между прочим: „Ну, приезжай, посмотрим, что-нибудь да найдём“. Когда я приехал к нему на приход, то с большим удивлением и радостью увидел документы и рукописи… Я был под впечатлением от этого открытия, которое совершилось милостью Божией», —
рассказывал отец Пётр.